同一級生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入
ESCO二級生物安全柜，通常稱為進流。進流能防止微生物操作時產生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實驗室內。然而，它們不同于一級生物安全柜之處為只讓經HEPA過濾的(無菌的)空氣流過工作臺面。內置風機將空氣經前面的開口引入安全柜內并進入前面的進風格柵。因此沒有經過過濾器過濾的空氣不會直接進入工作區，從而保護安全柜內部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。
二級生物安全柜的一個*亮點就是由垂直層狀薄片的(無定向的)HEPA過濾器過濾后，再安全柜內部形成向下流動的氣流。氣流不斷地沖能可產生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。
二級生物安全柜可有效減少由于氣溶膠暴露所造成的實驗室感染以及培養物交叉污染。箱體選用304不銹鋼或冷軋鋼板，易清潔；垂直層流負壓機型，回流空氣30%/100%過濾排放；負壓設計，保證操作人員安全；一體化滑動安全移門定位，易于操作；配備過濾器阻塞報警，送風機過載報警，工作窗開啟限位報警系統。
在使用生物安全柜時必須穿個人防護服，戴手套，根據需要帶防護眼罩或者面罩。開機5分鐘內不可操作，安全柜要有個自凈的過程；操作時盡量緩緩移動手臂，安全柜的擺放位置盡量遠離走道，避免氣流波動；操作樣品時分潔凈區、操作區、污染區分開擺放物品；柜內盡量避免震動儀器（如離心機、振蕩器等）的使用，因為震動會使得積留在濾膜上的顆粒物質抖落，導致操作室內部潔凈度降低，同時如果在前操作面平衡失敗還會引起安全柜對操作者的污染。
實驗操作中不可*打開ESCO二級生物安全柜的玻璃視窗，應保證操作人員的臉部在工作窗口之上。在柜內操作時動作應輕柔、舒緩，防止影響柜內氣流。檢驗完成后，關閉玻璃視窗，保持風機繼續運轉10min，同時打開紫外燈，照射30min。
